On écrit : y a-t-il. L’apostrophe sert à noter l’élision d’une voyelle (c’est-à-dire sa suppression) devant un autre mot commençant par une voyelle ou un h muet. On la trouve par exemple dans « va-t’en » (voir ici une article sur le sujet). Ce procédé permet d’éviter un hiatus, c’est-à-dire la succession de deux voyelles. Exemples : J’aime, l’Amérique, le père d’Hélène. Il n’y a pas d’apostrophe après le « t » non plus. Cette lettre n’est pas la forme élidée de « te », mais une lettre placée pour des raisons d’euphonie, c’est-à-dire pour rendre agréable la combinaison des sons. Enfin, entre « a », « t » et « il », les traits d’union permettent de noter que ces trois lettres forment une unité sonore, comme dans la phrase « A-t-elle bien rangé sa chambre ? « . 

À lire en cliquant  ici : « va-t-en » ou « va-t’en »  ?

Exemples d’emplois :

Dépouillons-nous ici plus que jamais de toute passion et de tout préjugé, et voyons de bonne foi ce que notre raison peut nous apprendre sur cette question : Y a-t-il un Dieu, n’y en a-t-il pas ?

Voltaire, S’il y a un Dieu

Il était quatre heures alors.
Qu’y a-t-il ? demande si Francis Cromarty, qui releva la tête au-dessus de son cacolet.
– Je ne sais, mon officier, répondit le Parsi, en prêtant l’oreille à un murmure confus qui passait sous l’épaisse ramure.

Verne, Le Tour du monde enquatre-vingts jours. 

N’y a-t-il pas telle douleur physique diffuse, s’étendant par irradiation dans des régions extérieures à la partie malade, mais qu’elle abandonne pour se dissiper entièrement si un praticien touche le point précis d’où elle vient ?

Proust, À la recherche du temps perdu

Craignez-vous que nos Législateurs Français, correcteurs de cette morale, long-temps accrochée aux branches de la politique, mais qui n’est plus de saison, ne vous répètent : femmes, qu’y a-t-il de commun entre vous et nous ?

Olympes de Gouges, Déclaration des droits de la femme. Plus d’informations ici.

Y a-t-il un dualisme du corps et de l’esprit (on dit plus souvent de l’âme), qui seraient deux réalités distinctes ?

« Je pense donc je suis » de Descartes