On écrit : en difficulté. Le pluriel n’est pas une faute, mais est moins courant que le singulier. Le résultat renvoyé par l’outil Google Ngram est par exemple sans ambiguïté. Le singulier est privilégié par les dictionnaires usuels (Robert, Larousse, TLF, Dictionnaire de l’Académie française, etc.). En effet, on parle, en utilisant « difficulté » au singulier, de la position, de la situation difficile ou délicate, comme le laisse penser l’usage de la préposition « en » (qui sous-entend la situation de la personne dans un espace, même abstrait) et pas de l’ensemble de problèmes concrets qui assaillent la personne ou l’élément concerné. 

Cette locution signifie « être dans une situation difficile, connaître des difficultés » (des élèves, une entreprise en difficulté, etc.). Elle est, selon le Littré, originaire du vocabulaire du turf, c’est-à-dire celui des courses de chevaux. 

À lire en cliquant ici : « en ruine » ou « en ruine », quelle est la bonne forme ? 

Exemples avec en difficulté

  • Le club de football de la ville est en difficulté depuis le début de saison, à cause de nombreuses blessures.
  • Les passagers d’un voilier qui s’était trouvé en difficulté au large des côtes de la Rochelle ont été secourus in extremis par les sauveteurs en mer.

Il se trouva qu’au moment de la première croisade, la plus importante de toutes (1096), le roi de France était en difficulté avec l’Église à cause d’un second mariage irrégulier.

Jacques Bainville, Histoire de France

En fin de soirée, la bataille dans le Nevada restait serrée pour la seconde place. Sur 50 % des bureaux, derrière M. Sanders (46,6%), l’ancien vice-président Joe Biden, en difficulté depuis ses cuisantes défaites de l’Iowa et du New Hampshire (cinquième position), semblait pouvoir sauver sa candidature (19,2 %).

Lemonde.fr

Elle est toutefois épuisée et dévastée tandis qu’en face, l’Autriche, en difficultéfinancière, est toutefois solidement retranchée en Saxe du sud (y compris la capitale de l’État, Dresde) et en Bohême.

La guerre de Sept Ans